上世纪90年代，石港北部与如东孙窑交界地区曾出土数只韩瓶。韩瓶是当时士兵取水的工具，明清时期这里是石港场跟马塘场草荡地带，正是边界地区屯兵驻扎的遗存。千年古镇石港，历代东临浩瀚大海、北靠古横江，在军事防御上的重要性不言而喻。“古寨曾屯数万兵，不时倭寇备元明；至今歌侧圈门在，故老频频说土城。”这是《渔湾竹枝词》中曾葆淳的诗句。古寨曾是抵御外侵的坚固壁垒，屯驻了大量士兵，道尽了石港寨的沧桑。诗中所描述的“寨”是指古代的军事据点，往往位于战略要地，是军事部署的重要环节。
唐代《通典·州郡典》提及，胡逗洲及周边沙洲“煮海为盐，利尽吴楚”。因长江携带泥沙堆积，形成散落沙洲群，石港为其中之一，成为早期盐民聚居地。
最早有关石港军事的记载是后周显德五年（958年），乾隆《直隶通州志》是这样说的：“通州周显德五年，拔南唐静海都镇制置院，升静海军。按马端临《舆地考》，静海周县有狼山、蔡港、余庆、石港、西寨五寨。”其中，石港寨军事建制的初成，让石港肩负起军事防御、地方治安巡缉私盐的重任。石港寨，便在南黄海的涛声中得名。
唐代中后期，长江北支（石港北部的古横江）淤积加速，海岸线东扩，石港北部逐渐与北岸陆地相连。石港的东北部从北渡村的丁家渡口开始，经原五总乡的老坝桥（宋时狄公堤上的宣家坝遗址），一路向南至沙家坝以东，再拐向南部的新貌村村部至蔡坝附近以南即是大海，其南部和西部与胡逗洲隔水相望。北宋庆历年间（1041—1048年），石港跟西亭在四安南的“曲曲港”附近涨接，形成了以石港为中心的凹形大海湾。南宋文天祥《指南录》中载:“宿卖鱼湾，海潮至。渔人随潮而上，买鱼者邀而即之，鱼甚平。”由于石港东北的丁家渡、渡海亭、杨家环、倒埠子等北沿海形成了热闹的鱼市，整个凹形大海湾亦称“卖鱼湾”，也成为抵御倭寇的第一道防线，其军事防御地位尤为重要。
明弘治《两淮运司志》记载：“石港寨，场南备倭，百户一员，军余五十名。”明代，倭患十分严重，给沿海地区人民的生命和财产带来了极大损失。因此，明朝设置了专门针对倭寇的防御军队。光绪《通州直隶州志》又载，明洪武年间(1368—1398年)，备倭军屯掘港，调驻扬州卫指挥一员，军五百六十名，设石港、栟茶、角斜、李家堡四寨，并设四汛，其中，石港、狼山为南汛；明洪武年间，又于通州置料哨军寨4处，其中一处屯石港场，设千户1员，军1000名，隶扬州卫指挥统辖。料哨军寨是明代卫所制度下兼具军事防御、地方治安与盐务管理的特殊军事侦察预警机构，设正五品千户（世袭武职）；明嘉靖四年（1525年），为防倭寇入侵，两淮30场选取盐丁3000人为灶勇，有警则听从就近官军各营将领调用，开创了“盐兵联防”模式。石港寨作为古代江海交汇处的战略要地，依托狼山、横江地理屏障，形成天然防御网络，扼守长江出海口，其军事意义贯穿千年，在不同历史时期承担了多重职能。
明中期，这里依旧是重兵驻守的石港备倭营。石港不仅是一个繁华的盐场，也是抵御外敌的重要据点。盐场生产与军事防御相结合，形成了完备的抗倭防御体系。在明嘉靖年间（1522—1566年）的地图上，石港备倭营在护城河南，即今草市桥社区居委会附近。今石港南门的“营桥”，便是那段岁月的遗迹。
清顺治十八年（1661年），改狼山副将为镇守狼山总兵官，通州境内置本标中、左、右3营，每营设游击1员、守备1员、千总2员、把总4员、兵1000名，石港场属于中营。清初，倭患开始平息，防倭的营军、灶勇逐步裁撤，但各场添设了烟墩。据清嘉庆《两淮盐法志》记载，通属各场所设烟墩共60座。其中，石港场6座，3座在石港新堤外，3座在石港东、南、北三城门外。另置外汛66处，其中，石港场东门、西门、南门、北门各设一处。烟墩、汛房的设立，为守城士兵的驻扎、警戒提供了主动权。
清同治年间（1862—1874年），通州盐区设陆营，原右营汛地及石港场设州城东关厢汛。把总1员、协防外委1员驻石港场，并领马战兵、步战兵、守兵若干名。
在石港古城，曾有两座土山，皆是盐民为应对恶劣环境而人工堆筑，东土山即“救命墩”，积土所成，广十亩、高四丈，位于老的石港小学东侧，在东北艮位，既能补足地势、构成“山泽通气”之象，又能在天文大潮时以精准高程为盐民提供避难之所，同时兼具沿海漕运航标与军事设施功能，引导盐船穿越古横江暗沙区，为军事瞭望、防御助力。而大家不知的是北城门外北极阁真武庙遗址上的土山，现为广济桥北岸位置，曾于雍正、乾隆盐法志图中标明，却在嘉庆年间消失，但其过往亦有军事意义，与东土山共同为石港古城构筑起独特的古代军事防御体系，这两座土山均是先民的智慧谋略。
在民国石港地图上，石港镇西北侧有一个叫“都司院”的地方，其睹史院村的村名便源于此处，从字面来看，都司院为明代朱元璋建国后成立的军事机构，即“都指挥使司”，是明朝在地方设立的军事管理机构，与布政使司、按察使司并称三司。都司掌管一省的军事事务，直接对朝廷负责。都司下设卫所，构成了明朝的军事防御体系。然而，这样的军事机构出现在石港，可能是都指挥使司下的一个分支机构，说明了历史上石港军事地位相当重要。