早在张謇生前，就有合并农、医、纺三校为南通大学的计划。张謇逝世后，继掌三校的张孝若于1928年6月“召集农、医、纺三大学教职员、学生，于南通农科大学开南通大学筹备委员会”会议，提出“合并三大学而为南通大学，分农、医、纺三科”。同年8月，私立南通大学成立，于右任、李宗仁等名流与校方人士担任校董。
 关于该校简称，当年的《南通大学成立纪念刊》未提及，笔者也没能找到学校章程与相关记载。但翻阅民国报刊书籍发现，“南大”常被用来指称该校。1929年1月《通通日报》刊有报道《南大崇中球讯》，内容为南通大学医科与崇敬中学在公共体育场进行篮球比赛。1933年6月，瞿立衡为《江苏南通大学医学院一九三四级毕业纪念刊》作“科长序文”，首句就是“我南大医科”，而此时该校已根据新颁教育法令改称“南通学院”。（1929年，南京国民政府颁布大学组织法，规定具备三个学院的高校才能称为大学。因法定大学学院中无纺织门类，南通大学只能以农、医两个学院的办学规模向政府注册，纺科成为附办。1930年 11月，学校不得不改称南通学院。）
  南通大学被简称为“南大”的情况并非仅出现在本地报刊。1929年4月，上海《民国日报》一则关于南通大学纺织课学生参观兵工厂的报道，标题直接以“南大”指称该校。自1928年起，张蓬舟（后成为著名战地记者、文史家）曾多次陪同省农矿厅长兼南通大学校董何玉书赴通，在其1933年出版的《南边风情记》一书中，就多处用到这一简称，如张孝若“在南大的欢迎校董会席上的演说”，“何（玉书）厅长去赴南大的演讲会”及参加“南大校董会会议”等。
 当年南通大学简称“南大”与如今足球赛引发的“南哥”之争本质不同。国民党政府1928年4月合并南京原有高校设立国立中央大学，而南京大学的名称出现于1949年以后，所以此前南京等地民众与中央大学是不会在意南通大学简称为“南大”的。
同时，因南京作为中华民国首都被简称为“京”，故彼时的“京沪线”指南京到上海的铁路，“进京”即到南京。受此影响，南京中学简称为“京中”（也有报刊称其“南中”），并创办了《京中校刊》。所以，那时的南通不仅大学被简称为“南大”，连“南通中学”也被简称为“南中”。1927年《通海新报》有《南中近讯》，1928年《申报》先后刊登《南中校长辞职离校》《南中实小校长已保释》等新闻，同年11月，旧报报道南通补习中学初中部与农校中学部“借南中操场比赛”篮足二球。这里的“南中”，指的都是南通中学。
  不过，当年的“南大”简称也并非南通大学独有。民国史料显示，当时位于广州的“岭南大学”也以此为简称（1938年迁香港，现简称“岭大”），并以《南大》命名校刊。由于两校地理位置相距较远，加之当时信息传播不发达，并未出现简称争抢情况。而现今以“南”字打头的大学除了南京、南通，还有南开大学、南昌大学、南宁大学、南华大学等。尽管南京大学早在2001年就申请注册了“南大”商标，但2014年南昌大学在官网发布的《南昌大学章程》中仍将校名简称定为“南大”，曾引发舆论争议，而该章程自颁布实施以来，未见修改。
 现在的南通大学于2004年经教育部批准成立，章程中已明确简称为“通大”。而如今南通人口中的所谓“南大”“小南大”，只不过调侃而已，尽管这所学校历史上确实拥有过这个名称。