抗日战争时期的海启地区，国民党县政府早在日本侵略军第一次占领海门（1938年3月21日）之前就已弃城逃走，驻在海门的国民党军队也不知去向。当时城镇和主要交通沿线都由日伪军占领，而广大农村则是在我党领导的抗日武装——东南警卫团及民兵们的控制下。如果按照蒋介石的命令，海门只能等待在海门的抗战中毫无作为的国民党坐收渔利。在日本宣布投降后的第二天，即1945年8月16日，东南警卫团按照上级的部署先后冲进了新港（今属启东）、三阳、悦来、麒麟等据点接受日伪军投降。但进入吕四据点时，敌人不但不投降，还向我方开枪射击，根据分区领导指示“敌人不投降就消灭它”，我军以强有力的炮火进行攻击，迫使敌人挂起了白旗，乖乖投降。
1945年8月底，东南警卫团经兵力调整和扩充后决定挥戈西进，挺进三厂、青龙、茅镇（海门县城，又称茅家镇）准备接受那里日伪军在海的主要部队投降。8月31日上午东南警卫团进入三厂，日伪军已经闻风撤往茅镇。8月31日晚茅镇的日伪军（包括从三厂等地撤到茅镇的日伪军）弃城向南通方向逃窜。9月1日下午，东南县委和东南警卫团1000余人浩浩荡荡开进县城茅镇，数千群众从四面八方赶来，自发站在街道两旁欢迎子弟兵，整个县城沉浸在一片欢呼声中。此后东南县委和东南警卫团先后召开了各界人士会议，与他们亲切见面的同时，宣传党的方针政策和研究下一步治理海门的打算。
但仅仅过了三天，9月3日茅镇西南方炮声隆隆、枪声大作，原来是逃往南通的日伪军又杀回海门来了。据说理由是“日伪军只向国民党投降，而不向共产党投降”，为何？
时任美国总统杜鲁门在一次谈话中透露了真情，因为不这样做的话“整个中国就将会被共产党人拿过去”，所以杜鲁门给盟军总司令麦克阿瑟发布指令：所有在华日军只能向蒋介石投降。时任日军总司令冈村宁次也给日军下令：只向国民党军队投降。这就是撤离到南通的日军在国民党的唆使下再次杀回海门的理由。
抗日战争后期，海门的国共力量而言，国民党不是共产党的对手。因此国民党为了壮大力量，就拉了抗日战争中做尽坏事的伪军来扩大自己的力量。于是由国民党委任的海门县代理县长潘焘在南通城内设临时办事处，收罗残余伪军进行集训，以扩大国民党的力量；同时南通督察专员公署干脆将简汉荣等数支伪军部队改编为“长江下游挺进支队第十一纵队”，这样蒋日伪又重新沆瀣一气来对付共产党。
为了避免兵力分散，东南县委根据上级指示与东南警卫团一起：主动撤出茅镇、三厂、青龙港，而固守战略要地四甲镇。此后敌人也未敢向四甲及海门东北部地区推进。
蒋日伪再次进驻海门后，他们大肆逮捕并疯狂杀害共产党员，制造了惨绝人寰的茅家镇惨案，据《中共海门地文史》记载，其间敌人杀害我共产党员35人。
1946年1月，国民党71军陈明仁部90师230团命令驻南通地区日军向该部投降，1月14日日军送交投降表册，2月初由南通日俘战犯管理所到海门办理日俘受降事宜，之后海门的遣返日俘离开海门经上海回日本。至此日本侵略军才算全部滚出海门。