南通地区地势低平，河川纵横，水运资源十分丰富。解放前，由于旧政权的管理不善及战争破坏等因素，南通航道多数处于自然河流的状态，水运优势远未得到开发。
通扬运河 古称运盐河。西汉初年，吴王刘濞开凿了西起扬州茱萸湾（湾头镇），东通海陵仓及如皋东陈乡汤家湾的茱萸沟。唐代末期，茱萸沟又延伸至白蒲镇，各盐场之间的支流河道也应运而成。后周年间，通州筑城挖河，向西北凿河20公里，打通了白蒲至通州城的水道，通州至扬州的运河成为江北平原的大动脉。北宋时期曾两度对通扬运河疏浚治理。宋代后期，通州盐年产量在50万石左右，除当地食用外，余者均由商船通过通扬运河运出。到了明清，通州植棉迅速发展，棉、纱、布成了继盐、粮之后的大宗运输货物。清光绪二十九年（1903），南通地方士绅集资创办大达内河小轮公司，开始苏北地区的内河航运业务。此时，通扬河道，通州西门至扬州，全程220公里，桥23座，途经唐闸、白蒲、林梓、丁堰、东陈、如皋、柴湾、海安、曲塘、白米、泰州、扬州，南通境内河势浅窄，海安镇夹河长约7华里，民船、木排、竹筏以如皋、海安最多。民国6年（1917），海安三里庙河（通扬河北侧支流，今为如海河）建成船闸，使南通至里下河地区航运更为便捷。日军侵占南通、如皋诸城后，控制内河航道，原为大达内河轮船公司的航班被日伪成立的上海内河轮船公司垄断，同时对内河行驶的木帆船实行许可证制度。抗战胜利后，开始恢复内河航道。民国35年，南通城防指挥部实行交通管制，对解放区实行交通、经济封锁。苏皖边区第九行政区专员公署实施反封锁，恢复解放区的水上交通。
通吕运河 南宋咸淳年间（1265—1274）李庭芝治江淮，自通州向东凿河20公里入金沙各盐场。到了元、明时期，运盐河随之向东南延伸。明嘉靖十六年（1537），通州同知舒缨凿河15公里，东达吕四盐场。这条航线自南通城区濠河起，东向经阚家庵、西亭、金沙、金余、余西、四甲、余东、包场、六甲，至吕四，全长82.5公里，是通州城至通东地区各盐场的主要航道。
焦港 据《海安县志》《如皋县志》等志书记载，焦港位于海安镇龙王庙对河，南行经徐庄、腰庄至郭庄之界桥入如皋县，经袁桥、搬经、常青、江安、高井、葛市、石北、张黄港通江。清乾隆五十三年（1788）浚通，光绪年间海安李縜组织民工疏浚。上世纪30年代，海安韩紫石议浚焦港，但因疏浚焦港经费被主事者及区长、乡长、保长层层贪污，虽曾动工，草草收场。焦港旧河道弯曲多，断续不通，历史上有焦港九十六道弯到长江之说。
栟茶运河 因流经栟茶镇而得名。明嘉靖年间栟茶河西接立发桥之运盐河（通扬运河），曲折向东，经洋蛮河、陆家浅、西场、丁家所、陈家湾、濮家湾、堡河口、范家浅、居家湾、滩河口、栟茶，至范公堤入海。明清至民国时期，多次拓浚。
三余竖河北起如东大同镇，南至海门四甲镇，全长20余公里，系民国3年（1914）开凿的航道。海门境内，民国12年建成新街闸，控制通吕运河高水位流压；民国30年，在河道北端建大同闸，控制遥望港海潮倒灌。
遥望港河 西起通州石港镇的丁家渡与九圩港河相接，东经双墩、大同至遥望港入海，全长36公里。古称古横江、夹江、清水港等，南宋德祐二年（1276）因文天祥经此渡海南归抗元，更名为遥望港。该河道唐代已有航行记载。民国时期，张謇主持建造九孔遥望港闸，由荷兰工程师特莱克设计。
如靖界河 民国《如皋县志》记载：“界河，按同治续志：仅咸丰七年，知县上官夔会同靖江知县率董谢珏等捐资挑浚一次，又同治六年、九年续浚各一次。事隔四十余年，近闻如靖界河自江安乡之黄家市至石庄市之张黄港，约十四里有奇，全行淤塞，非大加疏浚不足以便交通也。”民国初年，如皋县水利会主持疏浚一次。民国23年（1934）11月11日至民国24年5月25日又疏浚一次。中间除因天寒地冻约停工1月外，实际用工时间3个多月，共挖土方521480方。
东串场河现为如泰运河一段。如皋、如东境内，流经原如皋县丁堰、双甸、岔河、马塘、掘港五个区（今双甸、岔河、马塘、掘港属如东县）。沿河集镇林立，灌溉、交通均赖于此河。民国初年，由于年久失修，农商均感不便。为此，民国21年（1932）进行了测量。民国22年、23年将丁堰至双甸一段及马塘新市河先行疏浚。民国24年2月继续疏浚，筑坝戽水，但因河道较长，底水过大，加之春雨连绵，戽水困难，便由各区分段筑小坝，用跌水方法，以求迅速。从民国24年4月11日开工疏浚至5月12日竣工，共挖土方468777方。
堡河 现为丁堡河一段。南至栟茶运河堡河口，北至李堡镇北首堡坝，计长9公里多。民国初年，因年久失修，河床日增，蓄泄两有不便。该河有一段在东台县境内，东台境内于民国23年（1934）进行疏浚。如皋境内于民国24年3月8日动工，5月2日完工，共挖土方68544方。
公共河 公共河自掘港向东，上接过去的东串场河（今如泰运河），下至鲍家坝，为内河泄水出海之要道。河长14公里。因河底淤塞过甚，影响泄水。民国22年（1933）曾疏浚部分，民国23年12月11日继续开工，至民国24年底竣工，共挖土方210000方以上。