清雍正二年（1724），通州升为直隶州，设知州一人，正五品，俸银八十两，养廉银二千两，掌直隶州一州之政令，规制同知府。梁捕州同一人，从六品，俸银六十两，养廉银六十两，掌式厥州而佐其政治，雍正十二年（1734）设，乾隆三十三年（1768）裁，道光二年（1822）复设。管河州判一人，从七品，俸银四十五两，养廉银六十两，咸丰十年（1860）裁革。吏目一人，从九品，俸银三十三两三钱一分，养廉银六十两，掌禁戢奸宄防护狱囚典司簿籍州判裁后兼管水利。儒学学正一人，正八品，俸银四十两，掌学校生徒训迪之事。复设训导一人，从八品，俸同学正。吕东巡检司巡检一人。旧设狼山、石港巡检，裁革。雍正十二年（1734）以崇明等沙改隶通州，设三角等九沙巡检，从九品、俸廉同吏目。税课司大使一人，未入流，俸廉同吏目，兴商税之事。旧设通济仓大使，顺治十七年（1660）裁革。阴阳学、典术、医学典科、僧正司僧正、道正司道正各一人，并未入流。海门废，泰兴、如皋县知县各一人，正七品，俸银四十五两，养廉银一千两，掌一县之政令，平赋役，听治讼、兴教化，厉风俗。凡养老、祀神、贡士、读法皆躬亲厥职而勤理之。通州分司运判一人，从六品，俸银六十两，养廉银二千七百两，心红二十两，掌各场盐荚之政令。丰利、掘港、石港、金沙、吕四、余西、余东等盐课司各一人，正八品，俸银四十两。丰利、掘港、吕四、余东大使养廉银四百两，石港、金沙、余西大使养廉银五百两，掌一场之政令与场地之征收，治其交易，审其权衡而平准之，日稽其所出之数，以杜私贩之源。旧设马塘场大使，乾隆元年（1736）裁并石港。余中场大使，乾隆元年（1736）裁并余西。西亭场大使，乾隆三十八年（1773）裁并金沙。狼山镇总兵官一人，初设副将一人，守备一人，顺治十八年（1661）改总兵，同治八年，兼隶长江水师，正二品，岁支俸薪等银五百十一两五钱，马千银二百一十两六钱，养廉银一千五百两，外海巡费银九百六十两。中军陆汛游击一人，从二品，岁支俸薪等银二百三十一两二钱，马千银七十五两六钱，养廉银四百两。中军守备一人，正五品。千总二人，正六品。把总三人，正七品。外委三人，正九品。右营内洋水师游击一人，品俸同陆汛。领哨守备一人，品俸同陆汛。千总二人、把总四人，外委五人，品俸同陆汛。